Index _ | A | C | D | E | F | I | L | M | N | P | R | S | T | U _ __init__() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) (RAPDOR.datastructures.RAPDOREncoder method) (RAPDOR.datastructures.RAPDORState method) A array (RAPDOR.datastructures.RAPDORData attribute) C calc_all_anosim_value() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) calc_all_permanova_f() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) calc_all_scores() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) calc_anosim_p_value() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) calc_distance_stats() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) calc_distances() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) calc_distribution_features() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) calc_mean_distance() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) calc_permanova_p_value() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) control (RAPDOR.datastructures.RAPDORData attribute) D default() (RAPDOR.datastructures.RAPDOREncoder method) design (RAPDOR.datastructures.RAPDORData attribute) determine_peaks() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) determine_strongest_shift() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) df (RAPDOR.datastructures.RAPDORData attribute) distances (RAPDOR.datastructures.RAPDORData attribute) E empty_figure() (in module RAPDOR.plots) export_csv() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) extra_df (RAPDOR.datastructures.RAPDORData property) F from_file() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData class method) from_files() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData class method) from_json() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData class method) I internal_design_matrix (RAPDOR.datastructures.RAPDORData attribute) L logbase (RAPDOR.datastructures.RAPDORData attribute) M methods (RAPDOR.datastructures.RAPDORData attribute) min_replicates (RAPDOR.datastructures.RAPDORData attribute) module RAPDOR RAPDOR.datastructures RAPDOR.plots multi_means_and_histo() (in module RAPDOR.plots) N norm_array (RAPDOR.datastructures.RAPDORData attribute) normalize_and_get_distances() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) normalize_array_with_kernel() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) P pca() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) permutation_sufficient_samples (RAPDOR.datastructures.RAPDORData attribute) plot_barcode_plot() (in module RAPDOR.plots) plot_bars() (in module RAPDOR.plots) plot_dimension_reduction() (in module RAPDOR.plots) plot_distance_and_var() (in module RAPDOR.plots) plot_distance_histo() (in module RAPDOR.plots) plot_distance_stats() (in module RAPDOR.plots) plot_distribution() (in module RAPDOR.plots) plot_ep_vs_ep() (in module RAPDOR.plots) plot_heatmap() (in module RAPDOR.plots) plot_mean_distributions() (in module RAPDOR.plots) plot_means_and_histos() (in module RAPDOR.plots) plot_protein_distributions() (in module RAPDOR.plots) plot_protein_pca() (in module RAPDOR.plots) plot_protein_westernblots() (in module RAPDOR.plots) plot_replicate_distribution() (in module RAPDOR.plots) plot_sample_correlation() (in module RAPDOR.plots) plot_sample_histogram() (in module RAPDOR.plots) plot_sample_pca() (in module RAPDOR.plots) plot_sum_of_intensities() (in module RAPDOR.plots) plot_var_histo() (in module RAPDOR.plots) R rank_plot() (in module RAPDOR.plots) rank_table() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) RAPDOR module RAPDOR.datastructures module RAPDOR.plots module RAPDORData (class in RAPDOR.datastructures) RAPDOREncoder (class in RAPDOR.datastructures) RAPDORState (class in RAPDOR.datastructures) raw_lfc (RAPDOR.datastructures.RAPDORData property) run_preprocessing() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) S score_columns (RAPDOR.datastructures.RAPDORData attribute) T to_json() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) to_jsons() (RAPDOR.datastructures.RAPDORData method) U update_bubble_legend() (in module RAPDOR.plots)
